Argentina desarrolla un sistema más rápido para detectar la variante Delta
Puede imaginarse como un radar que ausculta el horizonte para detectar el ingreso de un peligro potencial. En este caso, de la variante delta del coronavirus, que inquieta por su gran transmisibilidad y también por generar más hospitalizaciones, en especial, en personas no vacunadas.
Investigadores puntanos adaptaron el sistema de “pooling”, diseñado el año pasado por el químico analítico Roberto Etchenique y su equipo (que consiste en hacerles la PCR a varias muestras al mismo tiempo), validado con el laboratorio de Daniela Hozbor, de la Facultad de Ciencias Exactas de la Universidad Nacional de La Plata, para que reconozca solamente las de esta variante de preocupación.
“Venimos trabajando entre varios grupos diseñando reacciones de PCR (esa técnica que amplifica un pedacito del genoma viral como si fuera una fotocopiadora de ADN) específicas para las nuevas variantes –cuenta el biólogo molecular Maximiliano Juri Ayub, de la Universidad Nacional de San Luis–. Funcionaban relativamente bien, pero los reactivos demoraron un poco y llegamos tarde. Cuando finalmente pudimos empezar a analizar las muestras, ya había circulación comunitaria. Sin embargo, nos quedó el protocolo funcionando”.
Cuando presentó el sistema original de pools, Etchenique lo describió con el ejemplo del juego de la “batalla naval”: puede imaginarse como un cuadrado de 10 por 10 donde se colocan las muestras correspondientes a 100 individuos, cada una en un tubito. Se toma un poco de cada una de la primera fila y se arma un tubo grande con 10. Otro de la segunda fila, otro de la tercera… así, hasta que tiene 10 pools de filas. Y hace lo mismo con las columnas. Y solo les hace un test a las mezclas de diez filas y a las de 10 columnas, que son 20 en total; o sea, cinco veces menos que la cantidad total de individuos. Si hay menos de un positivo cada 100 personas, da todo negativo, y se gastó solo 20 determinaciones en lugar de 100. Cuando sale positivo el pool de la fila tres y el pool de la columna cuatro, uno ya sabe cuál es el individuo positivo: el que está en la fila tres columna cuatro. Si hay dos positivos, y están en distinta fila y distinta columna, (que es lo más probable), uno puede determinar cuál es cuál fijándose la ‘marca de positividad’ (Ct,un número que cuanto más alto da, menos virus tiene). Así se pueden encontrar incluso tres entre 100. Si hay una gran cantidad de individuos positivos ya empiezan a mezclarse y entonces se necesitan pruebas individuales.
El principio que respalda el nuevo método de rastreo de delta es exactamente el mismo, salvo que en este caso se trabaja solo con muestras positivas para Covid.
“La mecánica es así –explica Juri Ayub–: vamos una vez por semana al Laboratorio de Salud Pública provincial, donde nos tienen separadas las muestras positivas de la semana epidemiológica anterior, armamos los pools de a cinco, y con 20 reacciones podemos hacer 100 muestras. Diseñamos unos ‘pedacitos’ de ADN que dirigen la polimerasa (la enzima que amplifica una región del genoma), una región específica de la variante que queremos identificar y que no está en las otras circulantes. Lo que nosotros hicimos fue validar esta reacción que no amplifica ninguna de las variantes que están circulando en San Luis y en la Argentina. Cuando está todo bien, vemos todas reacciones negativas. Si una muestra tuviera la variante delta, vemos una PCR positiva dentro del pool”.
Esta metodología permite invertir un quinto de los recursos y mucho menos tiempo de los que serían necesarios para hacer secuenciaciones individuales. Quintuplica el poder de rastreo.
“En San Luis, lo estamos empleando de forma sistemática desde la semana 24 y hasta ahora todos los análisis arrojaron resultados negativos –cuenta Juri Ayub–. Si se extendiera su aplicación, esto permitiría hacer un monitoreo más masivo y más rápido. No reemplaza la secuenciación, pero puede complementarla. Por ejemplo, si hubiera que mandar muestras a secuenciar, se podrían elegir las que identifiquemos como positivas, en lugar de seleccionarlas al azar. Aquí, en las provincias, uno las envía y tal vez el resultado vuelve a las tres o cuatro semanas, cuando la variante ya está circulando”.
Para Etchenique, juntar diez muestras por pool insume solo un 10% más de costo y de trabajo que analizarlas individualmente. “Permite hacer vigilancia activa y cinco veces más tests con los mismos equipos”, agrega.
Por su parte, el ministro Kreplak opinó que el concepto es interesante y permite ahorrar recursos, pero debe ser analizado por los especialistas para evaluar en detalle sus costos y beneficios.
Mientras tanto, Juri Ayub y colegas ya están asesorando al gobierno de Formosa para extender su uso a esa jurisdicción. Participaron en este desarrollo Jimena Manzur, José Luis Arias, Ludmila Campos y Marianela Leporati. También agradecen el apoyo constante de Juan Talía y Agustina Lacaze, del Laboratorio Provincial de Salud Pública , que les provee de muestras, información e ideas. Desde Córdoba, colaboró también el virólogo del INTA Humberto Dehat.